漆黑的夜晚一名間諜悄然潛入日本警方某機(jī)構(gòu)盜走了記載著各國(guó)諜報(bào)機(jī)構(gòu)重要數(shù)據(jù)的絕密文件的絕密數(shù)據(jù)日本警方和FBI探員赤井秀一（池田秀一 配音）旋即與間諜展開(kāi)追逐最后逃亡者的車(chē)輛墜落懸崖第二天柯南（高山南 配音）和伙伴們來(lái)到東都水族館觀光結(jié)果發(fā)現(xiàn)一名受傷的美麗女子（天海佑希 配音）該女子處于失憶狀態(tài)身上的手機(jī)也破損無(wú)法使用柯南等人答應(yīng)要幫她恢復(fù)記憶當(dāng)他們七嘴八舌之際藏在暗處的黑衣組織成員貝爾摩德（小山茉美 配音）冷冷地注視著這一切在相處過(guò)程中女子非凡的身手和奇怪的言行舉止讓灰原哀（林原惠美 配音）對(duì)其真實(shí)身份產(chǎn)生懷疑 　　剛剛還一派祥和的水族館沉浸在快樂(lè)之中的人們根本會(huì)想到隨著那名神秘女子技藝的恢復(fù)自己馬上就要被卷入黑暗組織的殺戮和混亂之中……